Dengan anugerah-Nya yang besar, STT SAAT hingga saat ini tidak menarik biaya perkuliahan. Para mahasiswa hanya diwajibkan membayar uang pemeliharaan kampus, dan biaya lainnya yang berkenaan dengan kebutuhan pribadi mahasiswa.
Biaya Selama Studi
Selain biaya pemeliharaan kampus, mahasiswa juga diwajibkan untuk memiliki asuransi kesehatan. Sekolah menyediakan layanan asuransi kesehatan bagi mahasiswa yang belum mempunyainya. Mahasiswa yang tinggal di asrama juga dikenakan biaya konsumsi yang dibayar tiap bulan.
Selain pengeluaran-pengeluaran pokok ini, para mahasiswa juga perlu menyediakan cadangan biaya untuk perlengkapan kuliah, seperti biaya fotokopi bahan kuliah, pembelian buku kuliah, serta uang saku untuk kebutuhan pribadi. Sehubungan dengan perubahan biaya yang dapat terjadi sewaktu-waktu, maka dianjurkan bagi calon mahasiswa untuk meminta keterangan yang terbaru kepada bagian pendaftaran.
Beasiswa
Meskipun dana yang tersedia terbatas, pihak STT SAAT juga memberikan beasiswa bagi mahasiswa program Sarjana Teologi (S.Th.) yang membutuhkan. Mereka yang mengalami kesulitan biaya dapat mengajukan permohonan kepada Kepala Bagian Beasiswa. Beasiswa ini tidak berlaku bagi mahasiswa tahun pertama dan tahun kedua.