Misi Program Sarjana Teologi STT SAAT adalah sebagai berikut:
- menyelenggarakan proses pendidikan dengan wawasan teologi yang alkitabiah serta menekankan keseimbangan antara pengetahuan kognitif, karakter kristiani, dan kemampuan praktis pelayanan;
- melakukan penelitian literatur dan/atau empiris untuk memperkaya khazanah ilmu teologi yang dapat diaplikasikan dalam pelayanan di gereja, sekolah atau lembaga pelayanan lainnya; dan
- melaksanakan program pengabdian masyarakat dalam bentuk pengajaran, pelatihan dan pendampingan warga gereja, sekolah dan masyarakat.