Semua program di SAAT mendapat izin penyelenggaraan dari Bimas Kristen Kementerian Agama
Sebagai institusi pendidikan, STT SAAT telah diakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dengan nomor 659/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/PT/VII/2021.
Demikian pula program studi akademik gelar Sarjana Teologi (S.Th.) telah diakreditasi dengan nomor 5928/SK/BAN-PT/Ak.Ppj/S/IX/2022 dan Magister Teologi (M.Th.) dengan nomor 2216/SK/BAN-PT/Ak-PPJ/M/IV/2020.
Selain diakreditasi oleh badan akreditasi nasional, program studi Sarjana Teologi dan Magister Teologi telah diakreditasi oleh dua badan akreditasi regional, Association for Theological Education in South East Asia (ATESEA) dan Asia Theological Association (ATA).
